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ATP熒光檢測儀可以檢測食品中的微生物含量，食品的微生物檢測是食品安全管理的重要組成部分。食品的微生物檢測是判斷食品衛生安全的重要指標之一，也可以判斷被檢測食品是否健康可食用。用ATP熒光檢測儀檢測食品中的微生物含量，根據檢測結果，判斷食品的清潔度和食品加工環境的衛生程度，推斷食品被細菌污染的程度，為各項衛生管理工作提供數據支持。
ATP熒光檢測儀檢測的主要微生物指標有菌落總數、大腸菌群和致病菌等，這些微生物一旦進入人體，就會對人體造成一定程度的危害，因此，食品出廠前應進行檢測，以確保所售食品的衛生安全。儀器不僅可以檢測加工食品表面的潔凈度，還可以檢測食品的加工環境、加工中使用的原料、食品加工者的衛生條件、食品包裝材料、食品加工工具等，在食品安全和衛生檢測中發揮著重要作用。
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